Director : Nicholas Meyer; Libreto : Jack B. Sowards, sobre una historia de Sowards & Harve Bennett; Música : James Horner

RAMA : La nave de la confederación espacial USS Reliant recibe señales de vida del planeta desértico Ceti Alfa V, y decide investigarlas. Entre la tripulación del Reliant que baja al planeta se encuentra el oficial Chekov, antiguo miembro del Enterprise. Pero lo único que encuentra la expedición es una baliza encendida entre los restos de la nave Botany Bay. Chekov comprende que se trata de la nave donde, quince años atrás, el entonces Capitán Kirk abandonó a su suerte a Khan, un criminal genéticamente mejorado con una inteligencia y fuerza sobrehumanas, que se encontraba en estado de animación suspendida con el resto de su banda desde 1996. Khan atrapa a los miembros de la expedición y les inocula en el cerebro las larvas de una creatura rastrera del lugar, que le permiten doblegar la voluntad de los expedicionarios. Apoderándose del Reliant, Khan se dirigirá hacia la estación científica Regula I - donde se desarrolla el secreto proyecto Genesis, capaz de crear vida en planetas desolados - y tomará el control de la misma. Con Génesis en sus manos - dispuesto a utilizarlo como arma de destrucción masiva - y contando con la llamada de emergencia que emitió la base espacial, Khan le tiende una trampa mortal a su enemigo James Kirk, quien se encuentra supervisando el vuelo de entrenamiento de cadetes de la flota a bordo del Enterprise, y que deberá acudir a investigar la alerta.